1、事业单位改革后，机构设置模式：事业单位分类改革，从2018年7月底已经基本试点结束的辽宁省来看，整合职能、跨领域综合设置，将职能相同或者相近的单位整合，组建新的事业机构，是事业单位改革的大趋势。辽宁省公开报道的精简比例是92%，也就是说，原来100个事业单位，整合后只剩下了8个，可见其机构精简之力度。
目前综合设置的方式，大致有两个方向，一种是综合行业领域内的公益服务和行政辅助职能，设立领域内的服务中心；一种是综合所有职能相同或者相近的机构，跨领域综合设置。前者例如整合所有畜牧、农机、农技等服务职能，设立农业服务中心，类似还有市场服务中心、卫生服务中心等。后者大多是一些各行业都会设置的公共服务机构，例如整合所有的电子信息、政务信息、网络信息等机构，设立电子信息中心，类似的还有培训服务中心、文化活动中心、机关服务中心、行政执法中心等。
2、事业单位改革后，人编岗必须完全对应，不能混编混岗：按职能整合，组建新机构，进行规范管理，是建设优化服务、节能高效、监管有力的事业单位的必由之路。机构改革，绕不开的就是岗位、编制、人员三者相互对应。机构职能确定了，相应的定岗定编工作原则也就确定了，剥离行政类和生产经营类职能后，新组建成立的中心，以公益服务职能为核心，统一由财政全额供给，使用的是全额事业编制。按照人编对应，使用全额事业编制的，必须是正式在岗职工。这些，都是事业机构正常运转的基本性原则。
可是，由于编制数额限制，尤其是在县乡基层，职能相近的事业单位，有使用全额事业编制的，还有使用差额、自收自支、自定自筹类编制的；即使是同一单位，也有全额的，有差额的，还有自收自支的；有正式在编的，有超编人员，有编外人员；有混岗混编的，有身份不对却使用编制的，有条件符合却无编可用的。基层编制使用、人员使用形势复杂，解决起来矛盾和困难重重。
3、基层事业单位改革后，编制类型使用和整改方法：事业单位改革大的原则不能改变，人编岗必须对应。即改革后，除乡镇卫生院外，事业单位基本上都是全额供给，使用全额编制。正式职工中，不管以前使用什么编制类型，调整到新组建成立单位，对应机构性质、岗位性质，统一由财政全额供给，使用全额事业编制。
其中的区别，自收自支类编制，是由地方政府自行核定，报经上级机构编制部门备案的编制。改革后直接撤销，不再使用，地方政府不允许再自行核定、使用自定编制类型。核销后所需要的编制缺口，由地方政府自行调剂余缺解决。
差额事业编制，和全额事业编制一样，都是省级机构编制部门给各地核定的正规编制类型，主要用于医疗卫生行业。改革后除乡镇卫生院可以继续使用外，其他单位由于剥离生产经营职能改企，不允许收费或者继续承担生产经营职能，因而再无可能使用差额事业编制。解决的方式，是由省级机构编制部门根据编制使用实际，使用全额编制置换差额编制，供地方改革后统一使用。
改革过程中，各类事业单位按职能进行整合，由于机构改革造成的混编混岗问题，必须于2020年10月底，改革结束前整改到位。其中违规使用的自行核定的编制类型，必须于2019年6月底前整改结束。
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